除了通屏幕显示信息进行参数设置的“超级控制面板”外，E-3采用典型的树式菜单结构，这种菜单的特点是结构逻辑简明，但入口少，某些菜单项需要进行较多的过程才能到达。

E-3菜单一级项目

    通过Menu按钮可以打开E-3的主菜单，E-3的一级菜单分为拍摄菜单1、2、回放设置、操控设置和系统设置等5个项目。

E-3拍摄设置

    E-3的拍摄菜单分为两项，拍摄菜单1控制文件格式、感光度，白平衡和噪点控制等与成像画质密切相关的项目；而菜单2则是一些拍摄控制的项目，其中一些是可以通过机身功能按钮和参数拨轮，或者通过液晶屏显示控制可以完成设置的项目。E-3在拍摄菜单里也提供了两个自定义设置存储器，用户可以把一套设置存储起来供今后调用，不过E-3能存储的设置项目不多，不像佳能EOS 40D的用户模式那样丰富。

E-3操控设置

E-3系统设置

    操控设置菜单下含有9个子菜单，用来设置机身操控方式和其他自定义模式，这项菜单类似于佳能的C.fn菜单，通过这些项目的设置，可以让相机更加贴合使用者习惯。回放菜单和系统设置的项目都比较常规。

E-3回放模式